Homologimodeller kan också användas för att identifiera subtila skillnader mellan relaterade proteiner som inte alla har lösts strukturellt . Metoden användes till exempel för att identifiera katjonbindningsställen på Na+/K+ ATPasen och för att föreslå hypoteser om olika ATPasers bindningsaffinitet.
Vad används homologimodeller till?
Homologimodellering är en av metoderna för beräkningsstrukturförutsägelse som används för att bestämma proteinets 3D-struktur från dess aminosyrasekvens. Det anses vara den mest exakta av metoderna för beräkningsstrukturförutsägelse. Den består av flera steg som är enkla och lätta att tillämpa.
Vad är homologimodellering och varför behövs det?
Homologimodellering erhåller den tredimensionella strukturen av ett målprotein baserat på likheten mellan mall- och målsekvenser och denna teknik visar sig vara effektiv när det gäller att studera membranproteiner som är svåra att kristallisera som GPCR eftersom det ger en högre grad av förståelse för …
Hur gör man en homologimodell?
det finns flera steg involverade i homologimodelleringen
- val av mall med din målsekvens. För detta ändamål kan du göra BLASTp-sökning mot alla tillgängliga proteinstrukturer (PDB). …
- Justering av mall och målsekvens. …
- Kvaliteten på din modell. …
- Förfiningav din modell i enlighet därmed.
Vad gör en bra homologimodellering?
Om vi definierar en "mycket framgångsrik homologimodell" som en som har <=2 Å rmsd från den empiriska strukturen, måste mallen ha >=60 % sekvensidentitet med målet för en framgång kurs >70 %. Även vid höga sekvensidentiteter (60 %-95 %) har så många som en av tio homologimodeller en rmsd >5 Å mot
