Kromosomkonformationsinfångning (3C)-baserade metoder avslöjar kromosomorganisation inom kärnan genom att bestämma den fysiska närheten av punkter längs kromatin. De bevarar kromatininteraktioner genom tvärbindning följt av fragmentering, ligering och sekvensering av interagerande regioner.
Hur fungerar kromosomkonformationsfångst?
kromosomkonformation fånga-på-chip (4C) fångar interaktioner mellan ett lokus och alla andra genomiska loci. Det involverar ett andra ligeringssteg, för att skapa självcirkulariserade DNA-fragment, som används för att utföra omvänd PCR. … På en enda mikromatris kan ungefär en miljon interaktioner analyseras.
Vad är kromatinkonformationsfångst?
Chromatin Conformation Capture (3C) är en viktig teknik som används för att studera kromatinstruktur, såväl som grunden för flera andra derivattekniker. … Protokollet involverar formaldehydtvärbindning av celler följt av kromatinisolering och digestion med ett restriktionsenzym.
Hur fungerar Hi-C-sekvensering?
Hi-C-metoden utökar 3C-Seq för att kartlägga kromatinkontakter över hela genomet, och den har också använts för att studera in situ kromatininteraktioner. I denna metod tvärbinds DNA-proteinkomplex med formaldehyd. Provet fragmenteras och DNA:t extraheras, ligeras och digereras med restriktionsenzymer.
Vad är Hi-C-teknik?
Den klassiska Hi-C-tekniken innebär restriktionssmältning av ett formaldehydtvärbundet genom med sekvensspecifika restriktionsenzymer, följt av ifyllning och reparation av smälta ändar med inkorporering av biotinbundna nukleotider. De reparerade ändarna ligeras sedan om.
